אגף הביקורת הפנימית ממונה על עריכת ביקורת במשרד/ביחידת סמך ובכל גוף המתוקצב ע"י המשרד. הביקורת נעשית בהתאם להוראות חוק הביקורת הפנימית - (1992), לחוקים ולתקנות שביצועם מוטל על המשרד, להוראות התקשי"ר, ולעקרונות הביקורת הפנימית.
הביקורת מתבצעת עפ"י תקנים מקצועיים ונבדקות שאלות כמו: האם פעולות והחלטות של היחידות ושל נושאי המשרות בהן תקינות מבחינת השמירה על החוק, הניהול התקין, טוהר המידות, החיסכון והיעילות, והאם הן מועילות להשגת יעדים.
האגף מוודא שעבודת המשרד מול גורמי פנים, נותני שירות חיצוניים ולקוחות נעשית באופן יעיל ואפקטיבי באמצעים העומדים לרשותם.
אגף הביקורת מגיש דו"חות ביקורת לשר/למנכ"ל הממונה ובכלל זה, הממצאים וההמלצות, ועוקב אחר תיקון הליקויים.
הנושאים לבדיקה נקבעים בתוכנית עבודה שנתית המאושרת ע"י מנכ"ל המשרד, וכן נבדקים נושאים בהתאם לבקשות אד-הוק של המנכ"ל.
מעבר לבדיקת הנושאים הנקבעים כל שנה מחדש בתוכנית העבודה השנתית לאגף יש פעילות שוטפת הכוללת :
- תיווך בין המשרד למשרד מבקר המדינה הכולל בין היתר ריכוז תגובות המשרד לטיוטות דו"חות של מבקר המדינה.
- ריכוז התייחסויות המשרד לבדיקות מעקב אשר עורך משרד ראש הממשלה ובין היתר ריכוז תגובות המשרד ל"הערות ראש הממשלה.
- מעקב אחר תיקון ליקויים שדווחו בדו"חות קודמים (דו"חות פנימיים ודו"חות מבקר המדינה).
- ריכוז הועדה המשרדית למעקב אחר תיקון ליקויים של דו"חות מבקר המדינה ודו"חות המבקר הפנימי.
- השתתפות בוועדות משרדיות עפ"י הצורך.
- הכנה והשתתפות בוועדה לביקורת המדינה בכנסת.