סמנכ"ל בכיר למינהל ומשאבי אנוש 

• משאבי אנוש
• רכש נכסים ולוגיסטיקה
• ביטחון
• מינהל ומשק
• מערכות מינהל והנדסת ייצור
• הדרכה
• שירותי רווחה
• משמעת

אגף משאבי אנוש:

האגף מופקד על מכלול הפעילויות בתחום הטיפול במשאב האנושי החל מקליטתו של העובד ועד לפרישתו.
אגף משאבי אנוש עוסק בהקצאת משאבי אנוש, תכנון מבנים ארגוניים, גיוס ובחירת עובדים, הערכת עובדים וביצועים, קידום וניוד עובדים, הגדרת משרות ותיאורי תפקיד, ניהול שוטף של תנאי שכר (חוזים, ותק מקצועי, תמריצים, עבודה פרטית, מענק יובל ועוד), יחסי עבודה, הפסקת עבודה ופרישת עובדים, תביעות משפטיות.
הפעילויות מבוצעות תוך מיצוי זכויות העובדים וחובותיהם ועל  פי הוראות התקשי"ר.

אגף רכש נכסים ולוגיסטיקה:

האגף עוסק בניהול תקציב בתחום דיור לטווח ארוך ובכלל זה במתן מענה  לדיור ואחזקתו של כלל יחידות המשרד, בתחום מימון הוצאות קשיחות שנתיות של המשרד כגון דמי שכירות, דמי שימוש, מים, חשמל, ניהול תחזוקה, ניקיון, חניות, טלפונים, שירותי דואר ופעולות לוגיסטיות אחרות הקשורות לתפעול שוטף של יחידות המשרד.
כמו כן, אחראי על ביטוח מבנים המוחזקים ע"י יחידות המשרד, ביטוח ציוד ותכולת המשרדים והמוסדות וביטוח חוסים במוסדות באמצעות חברת הביטוח ממשלתית "ענבל".
האגף עוסק במתן שירותי תחבורה לעובדי המשרד לצורך ביצוע תפקידם באמצעות רכבי איגום, ובמתן שירותי דפוס ליחידות המשרד.
האגף נושא באחריות על קיום התקשרות חוזית מול כל הספקים הן בתחום הרכש (לפי מכרזים מרכזיים והוראות החשב הכללי ולפי מכרזים משרדיים) והן בתחום קניית שירותים למשרד כגון שירותי ניהול תחזוקה, ניקיון, חניונים, אחזקת מערכות מיזוג אוויר וחשמל, אחזקת מעליות, הפעלת מזנונים ועוד.

אגף הביטחון:

אגף הביטחון מנחה את גופי המשרד ומבצע פעילות בתחום אבטחת המידע, אבטחה פיזית וביטחון, מתוקף החלטות הממשלה ומתוקף היותו גוף מונחה משטרה ושירות ביטחון כללי.
אגף הביטחון, אחראי על הנושאים הבאים:

• אבטחת המוסדות והמתקנים הממשלתיים.
• אחריות על אבטחת העובדים, קביעת מדיניות, הכוונה והנחיה מקצועית במוסדות הפרטיים והציבוריים, ביצוע סקר מיגון בכל המוסדות וקביעת סל אבטחה נדרש לכל מתקן.
• אחראי על ביצוע הערכות מצב ביטחוניות מלוות במתן הנחיות, בכלל זה ביצוע ביקורות ובקרות בכלל המוסדות של המשרד:  ממשלתי, פרטי וציבורי.
• אחריות על נושא החירום במשרד ובכלל זה, במוסדות הפרטיים והציבוריים.
• אחריות על ביצוע סינון ביטחוני לכלל העובדים, אחריות על אבטחת המידע המסווג ביטחוני, אחריות מטה וקביעת מדיניות לגבי אבטחת המיידע  הרגיש במשרד.
• אחריות לחלוקת כלי ירייה לעובדים, בכלל זה ביצוע אימונים והכשרות.
• ניפוק, פיקוח וחלוקה של תעודות הניתנות לבעלי תפקידים בסמכות ועל פי חוק.

תחום מינהל ומשק עוסק בהיבטים ארגוניים ולוגיסטיים במעונות ובמוסדות בהתאם למדיניות המשרד, חוק חובת המכרזים וחוק התקציב, בנושאים הבאים:

• ביצוע הליכי המכרזים וההתקשרויות לרכש טובין ושירותים במשרד.
• ניהול ועדות המכרזים ומעקב אחר ביצוע ההתקשרויות והליכי המכרז. 
• מתן פתרונות לשירותים לוגיסטיים במעונות ובמוסדות.
• פיקוח הדרכה ובקרה בתחומים: פיקוח קבלנים, פיקוח על תזונה, פיקוח מנהל ומשק, ניהול מחסנים, פיקוח על הכשרות ודת.
• ניהול מערך הארנונה לכלל נכסי המשרד (נכסים בבעלות המשרד ומושכרים).
• מתן פתרונות רוחביים לרכש כלל מוסדי בהתאם להנחיות מינהל הרכש.

תחום מערכות מינהל :

תחום מערכות מינהל עוסק בנושאים הבאים:

• הנדסת ייצור – שכר עידוד, חקר עבודה, בדיקת עומסים, נהלים, שיפור שיטות עבודה.
• ניהול איכות – איכות ומצוינות, הצעות שיפור, פרסי שיפור.
• ניהול רשומות – אחריות כוללת על מערכת הרשומות ביחידות המשרד (בתיקיון ובמגנזה), וכן נושא  באחריות על ביצוע ביעור תיקים,  על פי חוק הארכיונים התשט"ו.
• ממונה על יישום חוק חופש המידע במשרד.
• ריכוז פרויקטים וועדות כגון: ריכוז ועדת פרסומים, ריכוז וועדת "העברת מידע בין גופים ציבוריים" ועוד.

תחום הדרכה:

תחום הדרכה עוסק בנושאים הבאים:

• הקניית ידע, שיפור הרמה המקצועית ופיתוח המיומנות המקצועית של העובדים.
• הגברת היעילות, שיפור השירות וקליטת חידושים בתחומים המקצועיים.
• פיתוח מנהלים ועתודת ניהול.
• פיתוח ואישור כנסים וימי עיון, ימי גיבוש והפגה, פיתוח וייזום סיורים לימודיים.
• פתיחת קורסים לגמולי מינהל וגמולי השתלמות, טיפול בהשתלמויות, כנסים ומשלחות לחו"ל.
• פיתוח החשיבה, שיפור הידע, הרחבת אופקים והשכלה הכללית של עובדי המשרד.

רווחת העובד:

רווחת העובד במשרד כוללת את הנושאים הבאים:

• ייעוץ, הכוונה, הדרכה והפניית העובדים במצוקה לגורמים במשרד ובקהילה לצורך פתרון בעיות ומעקב לאחר טיפול.
• התמודדות עם בעיות במשפחה, תמיכה בעובד בשעת משבר, מחלה, שיקום, ביקורי בית, ביקורים בבתי חולים, אבל ועזרה לשאירים לצורך מימוש זכויותיהם.
• סיוע כספי לעובדים המצויים במצוקה כלכלית ע"י קרן מיכאל, גמ"ח, מרכוז חובות, הלוואות וכדומה.
• שמירת קשר עם גמלאי המשרד: ביקורי בית, ביקור בבתי –חולים, הענקת שי לחגים, ארגון סיורים, ארגון נופשונים, ארגון טקס פרישה לעובדים שפרשו משירות המדינה.
• טיפול פרטני בגמלאים במצוקה וניצול של שירותים הקיימים עבורם בקהילה.
• הפניית עובדים לביצוע בדיקות רפואיות תקופתיות – זכאים להיבדק כל העובדים מגיל 40 עד פרישה, אחת לשנתיים.
• טיפול בקייטנות לילדי העובדים.

• קביעת מדיניות משאבי אנוש של המשרד וסדרי העדיפויות בו, גיבוש והכנת תקן כוח האדם של המשרד, לרבות הצעות לשינויים ארגוניים, שינויי דרגות, שינויים בהגדרת התפקידים וכדומה.
• אחראי לביצוע מכלול הפעולות הקשורות עם הטיפול בפרט, החל מגיוס עובדים, שיבוצם, קביעת תנאי העסקתם, קידומם, הכשרתם וכלה בפרישתם מהשירות.
• מפקח על החלת הוראות הסכמי העבודה על עובדי המשרד.
• אחראי לתפעול המינהלי התקין של המשרד ומכין נהלי ביצוע המסדירים את סדרי העבודה ביחידות המשרד.
• מכין את מערך כוח האדם לשעת חירום על-פי ההנחיות ומוודא את הפעלתו בעת הצורך.
• אחראי למכלול הפעילויות הקשורות בקידום האיכות והמצוינות.
• אחראי על סדרי המשמעת במשרד.
• מופקד על פיתוח משאבי אנוש במשרד לרבות פיתוח הסגל הבכיר, במסגרת מדיניות המשרד והנחיות נציבות שירות המדינה.
• יוזם וקובע מסגרת פעולה לרווחת עובדי המשרד והגימלאים.
• מגבש את מסגרת התקציב התיפעולי של המשרד לרבות תכנונו, ולאחר אישורו על-ידי הנהלת המשרד, מפקח על ביצועו.
• אחראי לתיפעול המשאבים החומריים באשר למערך האפסנאות, המשק, הדיור והבינוי של יחידות המשרד וכן לתיפעול ולפיתוח המערך הממוחשב.
• מופקד על קיום סדרי בטחון כמתחייב מהוראות הגורמים המוסמכים.
• חבר הנהלה מצומצמת של המשרד וכן חבר בוועדות משרדיות ובין-משרדיות בדרג בכיר.
• משמש יושב ראש מועצת הייצור מטעם הנהלת המשרד במועצות הייצור.
• מקיים דיונים עם נציגות העובדים במשרד ועם הארגון היציג של העובדים בנושאים הנוגעים בעובדי המשרד והנתונים לסמכותו.
• מנהל משא ומתן בדרג בכיר עם גורמים שונים בנושאים הנתונים לפיקוחו ומייצג את המשרד בתחומים עליהם הוא מופקד.