ברמה הארצית התוכנית מנוהלת על ידי ועדה בין משרדית .חברי הועדה הם נציגי המשרדים השותפים ( משרד החינוך, משרד הרווחה, משרד הבריאות , המשרד לקליטת העלייה, המשרד לביטחון פנים), נציגי המרכז לשלטון המקומי והג'וינט .תפקיד הועדה לקבע מדיניות ולעקב אחרי יישום התוכנית . ליד הועדה הבין משרדית פועל ועדת היגויי של התחלה טובה הכולל גם היא נציגות ממשרדי הממשלה השותפים (כולל משרד התמ"ת ) , נציגי רשויות מקומיות ,נציגי הג'וינט ונציג קרנות תורמות .
מנהלת התוכנית ממוקמת במשרד הרווחה המתכללת את התוכנית והיא זרוע הביצוע של הועדה הבין משרדית