המחוז הוא הגוף המקשר בין הממשלה לרשויות המקומיות, המבטא מחד, את אחריות המדינה למימוש צרכיהם של ילדים ובני נוער בסיכון ומאידך, את הרצון לקרב את קבלת ההחלטות לרמה המקומית. מכאן נגזרים תפקידי המחוז בתוכנית הכוללים: ליווי שוטף של התהליך ביישובים,אישור התוכניות היישוביות ,פיקוח ובקרה אחר יישום התוכניות , והעלאת סוגיות מהשטח לרמת המדיניות הארצית.
כדי לשמור על האופי הבין משרדי של התכנית, היא מנוהלת במשותף על ידי משרד הרווחה והשירותים החברתיים ומשרד החינוך. כל אחד מהמשרדים אחראי לניהול שלושה מחוזות (רשימת היישובים וחלוקה למחוזות).
בכל מחוז פועלים המנגנונים ובעלי התפקידים הבאים:
-
ועדה מחוזית בין משרדית. בראש הוועדה עומד מנהל המחוז מהמשרד אשר נבחר להוביל את התוכנית במחוז: הוועדה כוללת נציגים ממשרדי הרווחה, החינוך, הבריאות, הקליטה ובטחון פנים. לכל משרד עד שלושה נציגים המייצתגים את תחומי העשייה השונים .כל משרד המיוצג בועדה המחוזית הינו בעל זכות הצבעה אחת.תפקידי הוועדה הם פיקוח ובקרה על התנהלות היישובים בתוכנית , מעקב ודיווח על התנהלות התוכנית למחוז
-
מנהל המחוז העומד בראש הועדה המחוזית
-
מנהלת התכנית הלאומית במחוז וממונה אזורי של "התחלה טובה". שניהם יעבדו בצמידות למנהל המחוז ויונחו מקצועית על ידי המנהלים הארציים של התוכניות