האגף לתפקידים מיוחדים כולל יחידות מטה המשרתות את האזרח ואת הגורמים המבקשים סיוע או המוכנים לסייע לשירותי הרווחה, וכן יחידות שמתפקידם לשרת את היחידות המקצועיות של המשרד ואת אוכלוסיותיהם. אוכלוסיית היעד של האגף היא כלל האזרחים במדינה הנמצאים במצוקה זמנית או קבועה.