אגף התקצוב במשרד הרווחה מתקצב את פעילויות המשרד כולל הפעילויות ברשויות המקומיות, מפקח ומבקר על ההוצאה התקציבית.

האגף אחראי על התקציב הכולל של המשרד. תקציב המשרד הינו בגובה של 4 מיליארד ₪ כאשר מתוכו 3.1 מיליארד תקציב ממשלתי והשאר של הרשויות המקומיות.
האגף אחראי על חלוקת התקציב המאושר בין הרשויות המקומיות המבצעות אותו. בנוסף אחראי האגף על קביעה ותמחור תעריפים בכל תחומי הפעילויות של המשרד.